La Academia de Ciencias de Cuba mantiene relaciones con las principales organizaciones internacionales a escala global y mediante estas o de forma bilateral con sus homólogas e instituciones equivalentes en todo el mundo.
Una de ellas es el Consejo Internacional para la Ciencia, cuya Secretaría General se encuentra en París, y de las más antiguas organizaciones no gubernamentales del orbe.
La Academia de Ciencias de Cuba, también, está enlazada con la Academia Mundial de Ciencias, con las redes Global y de las Américas, la Comunidad Científica del Caribe, la Asociación Americana para el Avance de las Ciencias y el Consejo de Investigación en Ciencias Sociales.
Con carácter independiente y consultiva, la Academia es una institución continuadora de la Real Academia de Ciencias Médicas, Físicas y Naturales de La Habana, fundada el 19 de mayo de 1861.